車次編號主要有以下幾點規則：

1.以北京為中心，靠近北京方向的車次號為雙數，遠離北京方向為單數，如果出現靠近北京方向與遠離北京方向交替，則需要變換車次。

例如：

G422南寧東—北京西（靠近北京運行）

G421北京西—南寧東（遠離北京運行）

D3712/09北海—廣州南（先靠近北京方向運行，南寧東之后遠離北京方向運行，車次由D3712變換為D3709）

G2344/1/4南寧東—寧波（先靠近北京方向運行，在金華之后遠離北京方向運行，車次由G2344變換為G2341；在溫州南之后再次靠近北京方向運行，車次由G2341再次變換為G2344）

2.G、D、Z、T、K字頭列車，編號1-4999為跨路局車次，其中1-3999為圖定車次，4000-4999為臨時車次；編號5000-9999為路局管內車次，其中5000-8999為圖定車次，9000-9999為臨時車次。

以G字頭列車為例，其他同理：

G422（南寧東—北京西）為依次途經南寧、廣州、武漢、鄭州、北京5個路局的圖定車次

G4114（柳州—太原南）為依次途經南寧、成都、西安、太原4個路局的臨時車次

G7507（南京南—寧波）為上海局管內圖定車次

G9640（廣州南—岳陽東）為廣州局管內臨時車次

[注：此處提及的臨時車次是截止今日（2020.12.05）可以在12306查到的，在一段時間后不一定存在，即使存在也可能是其他運行區間]

3.C、Y、L、S字頭列車以及純數字列車無特定編號規律，由各路局按實際情況定。

以C字頭列車為例，其他同理：

C3854/1（南京—上海）為上海局管內圖定車次，但它用的編號是跨路局的

C5971（成都東—貴陽北）為成都局管內圖定車次

4.國鐵集團將CR200J型列車（最高時速160km/h）視為動車組，該型號列車的車次一般為：跨路局D7xx、D8xx，路局管內D54xx、C57xx、C85xx、C86xx。

例如：

D710（上海—北京南）依次跨越上海、濟南、北京3個路局

D806（蘭州—貴陽北）依次跨越蘭州、成都2個路局

D5483（上海南—開化）為上海局管內

C5791（重慶北—成都東）為成都局管內

C85xx、C86xx [蘭州（西）與中川機場] 為蘭州局管內

5.一般來說，車次編號小的行程時間比車次編號大的行程時間顯著短，但這并非絕對的，甚至不是普遍的，這只是一個極其片面的規律。

例如：

北京與上海間的車次號≤20的G字頭列車比車次號為三位數的G字頭列車行程時間要短1小時（及以上）

北京與南寧間的兩對車次G421/2（南寧東與北京西）、G529/30（北海與北京西），G529/30（南寧與北京區段）的行程時間比G421/2的行程時間短將近2個小時。在列車等級相同的前提下，造成這種現象出現的原因主要有以下兩個：要么是運行的路線不同而起終點站一樣，要么就是運行時間顯著短的車次是標桿列車

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